Wydział Teologiczny, stanowiący fundament UPJPII i pomost między historią a współczesnością, został utworzony staraniem św. Jadwigi Królowej w ramach reformy Akademii Krakowskiej.

Dnia 11 stycznia 1397 roku papież Bonifacy IX wydał bullę Eximiae devotionis affectus zezwalającą na utworzenie Wydziału Teologii w tejże Akademii. Adresatami tego dokumentu byli król Władysław Jagiełło i królowa Jadwiga. Było to wielkie wyróżnienie dla Polski. Wydział Teologii w Krakowie zdobył wówczas takie same uprawnienia, jakie posiadał znany Fakultet Teologiczny w Paryżu. Przez długie wieki Uniwersytet Jagielloński wraz z Wydziałem Teologicznym pełnił doniosłą rolę w służbie kształcenia światłego społeczeństwa. Wielokrotnie naukowcy z Wydziału Teologicznego zostawali rektorami Wszechnicy Jagiellońskiej, jak choćby św. bp Józef Sebastian Pelczar czy ks. Konstanty Michalski CM.

W 1954 roku jednostronną uchwałą Rady Ministrów Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej usunięto Wydział Teologiczny z Uniwersytetu Jagiellońskiego, łamiąc tym samym wielowiekową tradycję. Nakazem władz komunistycznych Wydział został włączony w struktury Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, ale w wyniku sprzeciwu jego kadry naukowej faktycznie pozostał w Krakowie ograniczając się do kształcenia kleryków.

W 1959 roku dekretem Stolicy Apostolskiej ustalono ostateczny stan prawny: „Wydział Teologiczny zgodnie z jego ustanowieniem i charakterem trwa pod kierownictwem jednej władzy kościelnej i na przyszłość ma się kształtować wedle praw ustanowionych przez Stolicę Apostolską”.

Dzięki staraniom kardynała Karola Wojtyły Wydziałowi Teologicznemu został przyznany w 1974 roku zaszczytny tytuł Papieski.

Znamiennym wydarzeniem w dziejach Wydziału Teologicznego w Krakowie było wydanie przez Papieża Polaka Jana Pawła II dnia 8 grudnia 1981 roku motu proprio Beata Hedvigis, na mocy którego ustanowiona została Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie, składająca się wówczas z trzech wydziałów: Teologicznego, Filozoficznego i Historii Kościoła.

W uroczystość Najświętszego Serca Pana Jezusa dnia 19 czerwca 2009 roku papież Benedykt XVI pragnąc uhonorować pamięć swego Poprzednika – św. Jana Pawła II – podniósł Papieską Akademię Teologiczną do godności Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie, otwierając tym samym nową kartę świetności najstarszego w Polsce Wydziału Teologicznego.